برغم  جایگاه اصل برائت در امور کیفری و حاکم بودن آن بر دیگر اصول و قواعد حقوق جزا در مواردی خاص از اعمال این اصل عدول می شود در چنین مواردی در حالی که اصل برائت بوده و این وظیفه مقام تعقیب کننده است که ارکان قانونی جرم را اثبات کند و شخص متهم مکلف به اثبات بی گناهی خویش نیست بار اثبات دعوا تغییر کرده و بر عهده متهم قرار می گیرد.

از نظر تاریخی بحث عدول از اصل برائت در دیدگاه برخی از مکاتب فکری نیز دیده می شود. از جمله دیدگاه مکتب تحققی در مورد بزهکار فطری ناشی از زائل شدن اصل برائت می شود چون از دیدگاه این مکتب از جمله سزار لومبرزو مجرمان فطری بدون نیاز به ادله اثبات کننده جرم و صرفا″ بر مبنای معیارهای قیافه شناسی مجرم شناخته می شود.(43)

عدول از اصل برائت در صورتی توجیه منطق خواهد داشت که اماره ای قانونی یا قضایی که سبب ایجاد ظن قوی یا اطمینان آور است در میان باشد ووجود این امارات  موجب تغییر روند دادرسی گردیده و به این طریق اصل برائت نسبت به متهم زایل شده و در نتیجه به رغم عدم وجود دلیل قاطع قاضی به روش های استثنایی دادرسی متوسل می شود. مبنای عدول از اصل برائت در بسیاری از موارد دقیقاً همان مبنایی است که حاکمیت اصل برائت را در امور کیفری توجیه می نماید. در مواردی خاص که وجود قراینی ظن آور ارتکاب جرم توسط متهم را تقویت می کند اقتضای عدالت حقوقی و مصالح عمومی تقد م اماره مجرمیت بر اصل برائت است.(44)

بنابراین در صورت عدول از اصل برائت دادرسی به روش های استثنائی  متوسل می گردد. در این روش ها باز اثبات دلیل ها به جا شده و با تقدیم اماره مجرمیت بر اصل برائت اثبات برائت بر عهده متهم قرار داده می شود.

موارد عدول از اصل به عنوان اصل اساسی حاکم بر حقوق اجرا می دانند وجود دارد این موارد عمدتأ بیشتر در جاهایی مطرح می شود که اولا″  ارتکاب جرم موجب صدمه شدید به جامعه شده و یا تهدیدی جدی علیه آن تلقی گردد و ثانیا″ اثبات جرم از سوی دادستان و مقام تعقیب به سبب پیچیدگی های خاص  جرم ارتکابی امکان پذیر نباشد. در چنین مواردی برای اینکه مجرمان واقعی از اعمال  عدالت نگریزند اماره مجرمیت بر اصل برائت مقدم می گردد. گر چه امروزی در حقوق کیفری داخلی کشورها عدول از اصل برائت معمول نیست لکن مواردی از جرائم وجود داشته که اماره مجرمیت مقدم بر اصل برائت شناخته می شود. از جمله این جرائم را می توان جرائم علیه امنیت و آسایش عمومی جرایم و جنایات جنگی علیه بشریت و ثروت ها و پولشویی هایی که از طریق نامشروع و به واسطه جرایم سازمان یافته تحمیل می گردد را مورد اشاره قرار داد که فرض برائت ابتدا منتفی است و اماره بر مجرمیت است مگر خلاف آن ثابت شود.(54)